一個全身閃紅光的哥斯拉在香港登陸，并把港島和九龍的繁榮商業(yè)區(qū)破壞後離去。及後東京海底隊道亦因為隧道機械主軸溶化不停發(fā)生事故，原來哥斯拉身上的冷卻系統(tǒng)已破壞，令牠體內核子分裂快速活性化，并變成一座懂得步行的核子廠。同時東京水族館發(fā)生謎一樣的事件—水族館內的魚被離奇殺害，經(jīng)研究後發(fā)現(xiàn)是一些生活在二億多年前的地層生物—狄斯亞所造成。在臨海副都心，自衛(wèi)隊派出冷凍戰(zhàn)車迎戰(zhàn)不明生物—狄斯亞及哥斯拉。此時哥斯拉的體溫最終到達一千二百度，并可能引發(fā)全人類滅亡的核爆……