小智（松本梨香 配音）一行人繼續(xù)著磨練技藝的旅途，他們來(lái)到了歐魯?shù)吕食?，這里正在舉行為了紀(jì)念百年前阻止了戰(zhàn)爭(zhēng)的勇者亞朗而設(shè)置的對(duì)戰(zhàn)祭典。小智帶著皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢參戰(zhàn)，并且最終憑借著強(qiáng)大的實(shí)力奪得了頭籌，獲得了珍貴的寶物“勇者之杖”。
　　然而，讓小智沒有想到的是 ，傳說(shuō)中的神奇寶貝路卡利歐竟然從杖中現(xiàn)身，它的重現(xiàn)江湖揭開了一個(gè)隱藏了百年的秘密。與此同時(shí)，神秘莫測(cè)的神奇寶貝夢(mèng)幻現(xiàn)身會(huì)場(chǎng)，擄走了皮卡丘和喵喵。為了找回皮卡丘，小智和貝路卡利歐踏上了旅途，他們的終點(diǎn)是世界初始之樹，在那里隱藏著一切問(wèn)題的答案。