小智（松本梨香 配音）一行人繼續(xù)著磨練技藝的旅途，他們來到了歐魯?shù)吕食?，這里正在舉行為了紀念百年前阻止了戰(zhàn)爭的勇者亞朗而設(shè)置的對戰(zhàn)祭典。小智帶著皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢參戰(zhàn)，并且最終憑借著強大的實力奪得了頭籌，獲得了珍貴的寶物“勇者之杖”。
　　然而，讓小智沒有想到的是 ，傳說中的神奇寶貝路卡利歐竟然從杖中現(xiàn)身，它的重現(xiàn)江湖揭開了一個隱藏了百年的秘密。與此同時，神秘莫測的神奇寶貝夢幻現(xiàn)身會場，擄走了皮卡丘和喵喵。為了找回皮卡丘，小智和貝路卡利歐踏上了旅途，他們的終點是世界初始之樹，在那里隱藏著一切問題的答案。